对于大部分囊肿不需要治疗，但是对于有并发症的，比如有感染、出血、压迫症状，可能需要治疗。治疗方面主要有：手术治疗；保守治疗。手术治疗在过去采取开刀的办法，但创伤很大，现在基本不用。因为现在微创技术发展的很快，现在主要是做腹腔镜下肝囊肿开窗引流，相当于把房子屋顶掀掉一样，把颈部去掉，让囊液流出来。如果将来再继续产生囊液，可以通过大网膜腹膜吸收掉，则不会再形成包裹。
有些人不愿意采取手术治疗，会选择穿刺引流，比如注射无水酒精硬化剂，希望达到缩小囊肿的目的。但是因为囊壁没有完全去掉，单纯引流管子拔掉之后，里面的囊液还会再产生，囊肿会又回到原来那么大，没效果，也不经常用。另外有些人或者有些医生，可能会打硬化剂，比如无水酒精，但打入硬化剂之后会导致囊壁坏死。如果继发感染，里边会形成感染坏死的东西，很难处理，过去遇到很多这种情况。所以现在硬化剂注射一般不太采用。