慢性胃肠炎包括慢性胃炎和慢性肠炎，慢性胃炎最常于慢性非萎缩性胃炎和慢性萎缩性胃炎。慢性胃炎和饮食习惯、作息及精神状态有关，如进食不规律、吃饭过快、咀嚼不充分、进食食物偏凉、偏硬，对胃不好，时间长便会引起慢性胃炎。通常需要吃缓解症状的药物，如用助消化的米曲菌胰酶片、复方消化酶等。如果有腹胀、排空差症状，还可以用促动力药物，如吗丁啉、莫沙必利、西沙必利等。
慢性肠炎通常和肠道菌群失调、慢性细菌或病毒感染、机体免疫状态有关。可以用调整肠道菌群的药物，如果有腹泻或便秘的情况，还可以相应 用止泻药物或通便药物。