卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。子宫内膜异位症常见的临床表现有经期腹痛，这种腹痛的特点是进行性加重，月经期出现。有的人会随着时间推移，症状越来越明显，有的可以在来月经前期即出现腹痛，月经干净以后消失。另外的临床表现就是月经量增多，还有不孕等。卵巢巧克力囊肿引起痛经的机会比较少，如果有痛经，可能合并有盆腔子宫内膜异位症，行卵巢巧克力囊肿剥除术，巧克力囊肿仍有复发的可能，手术以后仍有痛经的可能。
手术过程中，除了将巧克力囊肿剥除，还应尽量把盆腔内所有的病灶切除，术后复发可能会延缓。术后可以配合药物抑制异位内膜生长，减轻痛经， 还能预防复发，同时还能提高怀孕的可能。一旦怀孕，异位的内膜，包括巧克力囊肿等，可能会处于萎缩状态，怀孕以后的痛经情况也会减轻。因此，巧克力囊肿患者做完手术，可根据情况选择自然怀孕或者人工助孕积极怀孕，怀孕以后的症状也可能会减轻。