结核性腹膜炎经过早期诊断并经规律抗结核、化学药物治疗，可以完全治愈，不易复发。结核性腹膜炎预后与临床病理类型、治疗是否及时、合理有效，以及有无并发症、何种并发症关系密切。随医疗技术水平进步以及人民生活水平改善，结核性腹膜炎治愈率明显提高。
早期发现、遵医嘱合理治疗预后大多良好。但就诊或确诊较晚延误治疗时机，或病情危重急剧恶化、机体抵抗力差，可形成肠粘连、肠穿孔、化脓性腹膜炎、肠梗阻、腹壁瘘。甚至肠瘘，或化疗方案不合理、无法达到满意效果等，均会导致预后较差。未经医嘱不规律抗结核治疗则会导致耐药、复发。