磁共振可以检查出肝癌，磁共振是临床使用非常普遍的检查方式，磁共振检测出肝癌的阳性率大约为90%。相对其他影像学方法，包括B超、CT和磁共振，这三种方法中，磁共振的灵敏度和准确度会更高。
磁共振会从不同成像方式，以及不同的序列进行检查，并且磁共振能够清晰地比较出患者是良性病变，还是恶性病变，在其他疾病的鉴别诊断中也有非常好的优势。
CT与磁共振，相当于手机的照相机、单反相机之间的比较。单反相机像素更高，成像、各方面细节会更清楚，磁共振与单反相机相似，显示细节方面会更到位。
影像学上如果检测出患者肝脏有肿块，并且怀疑是恶性肿瘤，还要结合其他检查。要询问患者是否有合并基础肝炎的背景，也就是既往是否有乙肝或丙肝，还要查血清AFP的水平是否过高，如果以上三项都满足，临床基本可以诊断患有肝癌。