脱肛大部分可以完全治愈。根据年龄和疾病轻重程度不同，治疗方法不同。儿童多为直肠黏膜脱垂，症状较轻，一般不需要特殊处理。通过改善饮食，能够在5岁左右自行恢复、缓解。中度脱垂以保守治疗为主，使用药物注射对直肠周围进行固定。脱垂严重主要以手术治疗为主，越早治疗效果越好。
肛肠科治疗脱肛常常联合运用RPH、PPH两种微创手术方法，加上直肠周围注射以及肛门紧缩术，或者经肛门直肠黏膜切除吻合术等，治疗效果较好。另外，患者平时应锻炼身体增强体质，经常性做提肛运动，劳逸结合，避免久站、久立、久蹲，注意饮食清淡，尽量避免便秘和腹泻，避免久咳、腹压增高等情况出现。直肠脱垂患者应该注意肛门部局部卫生，及时将脱出的肠段还纳复位，防止病情加重。