一般肛瘘不需要做全结肠镜检查，因为在外面可以摸得很清楚，但是时间较长、超过15年以上的肛瘘大概有3%-5%恶变率。
对于上述特殊肛瘘，可能肠镜检查也有必要，如肛瘘下取病检是肛瘘最常用检查。可以做肛周360°超声检查，分析窦道情况，部分患者可以做肛门镜检查或者乙状结肠检查。
复杂肛瘘一般建议做核磁，可以清楚地看到窦道分布和周边肠管的关系，窦道深度、长度以及窦道和肛管关系，对于手术非常有帮助。但复杂肛瘘治疗应该是比较困难的过程，部分患者甚至于需要多次手术才可能得到治愈效果。
肛瘘患者除常规项目检查之外，建议做肛周360°超声；复杂肛瘘患者建议做肛周核磁甚至于窦道造影，上述检查均是最常用检查。