幽门螺杆菌通常并不难治，尽管幽门螺杆菌可以在人的胃内长期存活，而且生长条件较为苛刻，常规的消毒手段并不容易杀灭，但是可以通过药物根除幽门螺杆菌。目前按照常规治疗手段，通过相关指南推荐，一般采用质子泵抑制剂、铋剂，以及两种抗生素的四联杀菌方案，可以高效杀掉幽门螺杆菌，一般杀菌效率在80%-90%。
常用的杀菌方案包括奥美拉唑、果胶铋、阿莫西林、克拉霉素等，这是比较常用的经典方案。其他的方案还包括其他的抗生素，例如左氧氟沙星、呋喃唑酮、四环素等一系列药物。部分患者可能幽门螺杆菌根除效率较差，原因在于胃内所 存在幽门螺杆菌对于常用的抗生素产生耐药，因此造成根除困难。根除困难的人群可以通过更换方案，或者通过对幽门螺杆菌的培养和细菌的药敏测试选择更为恰当、更为针对性的抗生素根除幽门螺杆菌。