自慰也可能会导致HPV感染，但是自慰本身不会产生HPV。在人们生存的空间内，HPV无处不在，自慰的情况下如果手不干净或用的工具不干净，都有可能会导致HPV感染。一旦出现高危型HPV持续感染的情况下，就有可能会导致宫颈上皮出现病变或癌变。
个别的低危HPV感染，如HPV6型、HPV11型虽然主要通过性接触感染，但如果自慰时用了病人用过的工具等就有可能导致感染，而引起生殖道的尖锐湿疣。从而导致外阴瘙痒或出现分泌物增多，需要用二氧化碳激光进行治疗。并且也建议最好戒除自慰，自慰本身可以导致情绪低落、失眠等，对工作和生活都会造成一定影响。