窦房结位于右心房上部，并且是右上部，窦房结发放的冲动通过房间束传递到左心房，窦房结发放的冲动不仅使右房除极，通过房间束又使左房除极。同时窦房结发放的冲动通过房室束传递到希氏束，又通过希氏束左右束支传递到左心室、右心室，从而使整个心脏都开始除极。
随着除极的完成又进行复极过程，当心脏整个复极完成之后，又有新的窦房结冲动发放，控制整个心脏。所以整个心脏跳动全部是由窦房结，如小蚕豆状的东西控制。因此窦房结可以看做是整个心脏的发动机，如果窦房结出现问题，心脏跳动也会出现问题。正常情况下房室结也有起搏功能，但不能控制心脏，因为房室结的频率是40-60次/分，而窦房结是60-100次/分，因此窦房结对房室结有超速抑制的作用。