治疗灰指甲可以口服抗真菌的药物，灰指甲是甲真菌感染指甲导致，因此主要选用抗真菌类治疗，口服药比较常用的有伊曲康唑、灰黄霉素等，都可以抑制真菌。伊曲康唑和灰黄霉素类抗真菌药物，通常都是经肝代谢，因此在服药前最好是去医院检查，服用期间也要定期监测肝功能，避免药物伤肝的情况发生。
还要注意药物相互作用，像伊曲康唑与很多药物之间存在药物相互作用，如果还患有其他慢性病，如高血压，需要去找医生咨询药物之间是否存在冲突，如治疗高血压的CCB类药物与伊曲康唑之间有相互作用，会增加CCB类药物的不良事件的发生率，所以不能同时服药。