毛囊炎一般挂皮肤科，毛囊炎是皮肤表面的毛囊炎症，而毛囊属于皮肤附属器官，所以毛囊炎是皮肤科医生诊治。毛囊炎有很多种类，有由细菌感染或真菌感染引起的毛囊炎，如糠秕马拉色菌感染引起的孢子菌毛囊炎，属于真菌感染的毛囊炎。还有一些非感染性毛囊炎，比如嗜酸性毛囊炎等，所以一般皮肤科医生比较有经验，可以通过临床经验或者相关检查来明确毛囊炎病因，进行针对性治疗。细菌感染应给予抗菌素内服、外用；治疗真菌感染可以使用抗真菌药物内服、外用，这样对症下药才能取得比较好的效果。
有的医院特别是小医院可能分科不是特别 细，有的甚至没有皮肤科，这时毛囊炎患者就诊也可以挂普通外科。包括感染性疖、疣、蜂窝织炎等都可以在普通外科就诊，一般也是进行抗菌、消炎治疗，如果局部出现明显化脓、脓肿，外科还可以进行切开排脓处理，但如果医院有皮肤科，一般毛囊炎首选挂皮肤科。