最常见、国内使用最多的肝癌标志物，是甲胎蛋白和PIVKA。甲胎蛋白正常是在婴幼儿时期出现的特殊蛋白质，成年人后的表达几乎消失，正常值是不超过20ng/mL左右。
出现疾病的过程中，甲胎蛋白会重新布置，最常见是原发性肝细胞肝癌。除原发性肝细胞肝癌外，其他疾病也可引起甲胎蛋白升高，最常见的是畸胎瘤。妇产科其他肿瘤也可分泌甲胎蛋白，甚至胃肠道肿瘤也可出现甲胎蛋白升高。
另外，存在肝炎背景的患者，经常会见到肝炎、肝硬化患者的甲胎蛋白有轻度升高。这部分患者出现甲胎蛋白升高，并不一定是出现肝细胞肝癌，但持续升高需要警惕。
除甲胎 蛋白外，现在开始应用的还有PIVKA肿瘤标志物。PIVKA肿瘤标志物，并不是常规检查项目，因为特异性高，但敏感性并不高，目前最常用的是这两种标志物。