能否怀孕与囊肿生长的位置无关。一般生理性囊肿不会影响怀孕，病理性囊肿可能影响怀孕，也可能不影响怀孕。如果确诊囊肿是病理性囊肿，由于整个孕期较长，囊肿生长过快可能引起囊肿破裂或囊肿蒂扭转、囊肿感染，甚至引起囊肿恶变，所以怀孕前必须确诊囊肿是生理性还是病理性。
如果生理性的囊肿可以继续妊娠继续备孕。如果是病理性囊肿必须到正规医院就诊，必要时进行手术治疗，避免引起整个孕期不良反应。对于育龄期女性，良性囊肿可以选择囊肿剥除，保留正常卵巢，术后第二个月就可以开始备孕，如果是恶性的病理性囊肿手术后是否需要化疗，根据是否需要下一步 治疗决定开始备孕时间。