扁桃体肥大手术费大约在5000元，再加上麻醉、住院费用，在7000元左右，就是总的治疗费差不多。各地、各个医院可能会有所出入，大体价格差不多。
扁桃体肥大如果导致呼吸堵塞，导致阻塞性睡眠呼吸暂停，就需要做手术，尤其对于孩子来说，这个情况相对更常见一些。往往还会合并腺样体肥大，这个情况需要考虑做扁桃体腺样体手术切除，来改善呼吸道堵塞的问题，改善睡觉憋气、缺氧的问题，促进孩子的生长发育，从而也可以减少因为缺氧对于身体造成的不良影响。
另外扁桃体肥大有可能会出现说话不清晰、说话有含糊音，可能导致吞咽有阻挡感，导致吞咽不顺畅，扁桃体肥大导致这些症状时可以考虑手术切除。扁桃体肥大也是慢性扁桃体炎的表现，慢性扁桃体炎就有可能在某种条件下继发感染，出现急性化脓性扁桃体炎。
急性扁桃体炎发作如果频繁，一年发作七次或以上，两年病程每年发作五次或以上，三年以上的病程每年发作三次或以上。达到这个发作频率时，也要考虑手术切除扁桃体来治愈扁桃体反复发炎的问题。