胃肠道间质瘤靶向药物的适应症有两类情况，为术后靶向药物治疗和术前靶向药物治疗，主要分析如下：
1、术后靶向药物治疗：中高危患者术后容易发生肿瘤复发和转移，而胃肠道间质瘤对常规放化疗均不敏感，因此医生会推荐这部分患者在术后服用靶向药物治疗。一般胃来源的胃肠道间质瘤中危患者，术后需服用靶向药物治疗1年，高危及非胃来源的胃肠道间质瘤中危患者，术后需辅助靶向药物治疗3年，而肿瘤破裂者需要更长时间的靶向药物辅助治疗；
2、术前靶向治疗：有些患者由于发现较晚，虽然还是单个肿瘤，但可能已经非常大，手术相当困难，或者 肿瘤已经侵犯了其他器官，此时外科医生会建议患者先进行靶向药物治疗，肿瘤缩小后再进行手术治疗。此时手术风险小，术后的并发症发生率就会更低，重要的器官也不需要切除，同时手术也容易把肿瘤切干净，手术的效果就相对较好。
20多年来，胃肠道间质瘤靶向药物治疗取得了里程碑式的发展，靶向药物目前分为一线的伊马替尼、二线的舒尼替尼、三线的瑞戈非尼、四线的瑞派替尼，以及针对D842V突变的阿伐替尼，而用药指导会根据临床情况由医生在面诊下进行。