病毒性结膜炎在得到正确的治疗后，通常7-10天可以好转，但完全治愈需2周左右。病毒在体内只能抑制，不能完全根治，在机体免疫力低时可能会复发。常见的病毒性结膜炎有两种会导致红眼病，即流行性角结膜炎和流行性出血性结膜炎，这两种结膜炎一个是腺病毒感染，一个是阿波罗病毒感染，传染性较强。
病毒性结膜炎常用的药物主要是抗病毒药物，即更昔洛韦眼用凝胶，联合抗菌素眼药水预防感染，同时使用眼表的修复剂滴眼治疗。病毒性结膜炎在得到明确诊断，且得到充分、有效治疗后，可达到临床治愈的效果。但在后期，即在7-14天临床治愈后，患者仍需避免刺激性食物，尤其辛辣刺激性食物，包括饮料、辣椒、火锅、酒精等，否则易引起病毒性结膜炎复发。