牙齿根尖囊肿的治疗，一般首选根管治疗。因为根尖囊肿也是属于根尖周炎的一类疾病，根尖周炎可能表现为根尖囊肿、根尖肉芽肿及根尖脓肿，都属于根尖周炎的范畴。
对于根尖周炎，如果进行根管治疗，可以将根尖周围的炎症以及牙髓的坏死组织、炎症组织以及牙周的炎症，得以较理想和较完善地控制和去除。因此对于牙齿的根尖囊肿，首选根管治疗进行治疗，其效果肯定较好。
因为根管治疗，首先要将牙髓进行开髓引流，将根管内的炎症组织尽量释放。其次再进行根管的预备，将根管内的炎症组织、坏死组织等进行彻底清创。再进行根管的消毒 、充填，从而彻底将根尖炎症控制住，就可以将根尖囊肿治疗完善。