原发性肝癌的手术时间主要是依据治疗中心的技术手段和术者的水平，包括拥有手术治疗病变的器械，以及医生和器械的配合程度，最关键的因素是肿瘤的生长位置、大小，以及有无血管侵犯、局部的转移等。简单的手术可能最快需要0.5-1个小时，主要是根据所采取的治疗手段。
如果是肝移植手术，至少需要3-5个小时，甚至达到十几个小时。如果是腹腔镜的肝癌切除，较短者需要1-2个小时，可能需要5-8个小时。如果是射频消融或者微波消融、酒精消融，病变较小者需要一个小时左右。如果是做酒精消融，可能只需要十几分钟。如果是介入手术，简单的需要30分钟，因为原发性肝癌介入手术只是针对中晚期比较大的肝癌，常规需要1-2个小时的治疗时间。