冷冻切片可以让外科医生在手术过程中马上了解病变性质，以便及时确定手术范围，并且做出相应处理。冰冻切片组织在离体后必须尽快送检，不可固定，保持新鲜，也不可以沾水，以免在冰冻时形成冰晶，影响观察。常规切片及染色最少需要3天时间，而快速冰冻切片的时间制片加诊断只有30分钟，要在如此之短的时间内做出诊断，难度还是相当高，取材也有局限性，因此制作切片的质量也不如常规石蜡切片高。
因而冰冻切片的确诊率比常规切片要低，达到90%即为优秀。冰冻切片有一定的延迟诊断率和误诊率，不能作为最终诊断的依据，只可作为外科医生手术中的参考，所以冰冻切片尚不能广泛应用，应在术前力求通过 常规病理检查明确诊断。部分患者常规病理检查结果不满意，或病灶的位置特殊，如靠近大血管等，无法做常规病理检查的，可以选择性应用术中快速冰冻，但是事后仍需用常规石蜡切片对照和存档。