自闭症的原因或自闭症的发病机制或发病因素非常复杂，现在认为有几个方面：
1、与个体素质有关：有一定家族背景，但在临床上发现很多家族都非常好，但目前个体发生自闭症状或诊断为自闭症；
2、与周围环境有关：如有人认为与污染有关系，有人认为与重金属有关，有人认为与患儿进食饮料、添加剂、防腐剂等密切相关；
3、还有一种学说认为是个体神经免疫发生异常；
4、个别患者与家族中的教养方式有关，但教养方式在自闭症中的贡献非常弱。
所以总体上来看，自闭症的因素还是由物质基础即素质基础，加上环境相互作用的最终结果。而环境因素包括整个孕产期，包括个体出生以后的感染，个体大脑的发育受阻，个体外伤、发烧、发热，异常感染的综合结果。
自闭症的病因到目前为止不能够准究竟哪一个因素是唯一因素，或是可治疗的因素，因此其因素、发病机制是综合的。所以，对于其干预也能够在可控制的因素上加以入手。