桥本氏甲状腺炎即自身免疫性甲状腺疾病，机体把甲状腺当作抗原产生自身抗体。桥本氏甲状腺炎其发病机制是甲状腺组织逐渐被淋巴细胞所代替，最终发生甲状腺功能减退症，所以在检查时首先要查甲状腺抗体，一般是甲状腺球蛋白抗体、微粒体抗体升高，随着病情逐渐发展到甲状腺功能减退症，这时甲状腺激素水平呈不同程度下降，促甲状腺激素水平升高。
一般从抗体升高到发生甲状腺功能减退症因人而异，时间长短不一，有些患者3-5年出现甲减，有些患者10年、8年，甚至终身都没有发生。其在没有出现甲减时只需追踪抗体 和甲状腺功能，当发生甲状腺功能减退症时，给予左甲状腺激素替代治疗，大多数患者都需要终身替代治疗。