对于心内膜炎诊断首先是进行心脏彩超，其为最好的诊断方法。心脏彩超可以观察到心脏瓣膜处有赘生物形成，此赘生物大部分是合并细菌的赘生物，会存在细菌、炎症细胞、纤维素、血小板，但是有时做彩超不一定能够观察到很小的栓子。另外对于其它检查，比如心脏CT、核磁共振能够进行辅助参考。
患有感染性心内膜炎时，需要做血液细菌培养，明确细菌类型。常见的感染性心内膜炎，一般革兰氏阳性菌感染较多，比如链球菌、金黄色葡萄球菌等。医生在进行细菌培养时，需要做血培养加药敏检查。另外对于感染性心内膜炎需要明确病人的基础情况，比如对于体质非常差的患者需要做全身调整。抗生素治疗是非常重要治疗，需要长时间、足量治疗。