肝脏隐隐作痛一般是肝脏良性疾病或恶性疾病引起，良性疾病主要考虑肝胆管结石，这种疾病治疗主要为解除梗阻，通畅引流，维护肝功能，缓解疼痛。如果是肝脓肿等炎性疾病的疼痛，多伴有发热、寒战，需要穿刺引流，彻底清除脓腔，保护肝功能，症状才能逐渐缓解。
其他良性疾病包括肝囊肿、肝血管瘤、肝错构瘤等，肿块逐渐增大以后压迫周围织器官可以引起肝区隐隐作痛，一般是直径较大超过6cm，需要手术治疗，才能缓解疼痛。
肝脏恶性肿瘤引起的肿瘤变性、坏死以及破裂，可引起肝区隐隐作痛，需要进行根治性手术治疗。如果不能手术治疗，需要行射频消融、介入治疗等综合性治疗缓解症状。