狼疮性肾炎是一种高度异质性疾病，需要根据病情的轻重程度、儿童生长发育特点，结合肾脏病理类型，制定个体化的治疗方案。治疗分为两个阶段，即诱导缓解和维持治疗，诱导缓解目的在于迅速控制病情，阻止或逆转内脏损害，力求疾病缓解，治疗药物主要为激素与免疫抑制剂，如环磷酰胺、吗替麦考酚酯、硫唑嘌呤、他克莫司、环孢素、利妥昔单抗等。维持治疗阶段可用泼尼松，维持期至少3年。
其它一般治疗也较为重要，如羟氯喹不良反应少，但由于其有视网膜的毒性作用，在用药前和用药后每3个月都要定期进行眼 科检查，包括视敏度、眼底、视野等。此外，需要控制高血压和尿蛋白，一般可用肾素-血管紧张素-醛固酮系统阻滞剂，如依那普利、苯那普利等，还需补充维生素D、钙等，注意激素和药物的副作用，定期监测血、尿指标。