切胃手术的后遗症严格意义上是腹腔镜下胃袖状切除手术的术后遗症。跟其它的手术一样，手术以后在短期以内都有可能会出血、感染、消化道漏。消化道漏是指切好胃以后，这个胃的断端发生漏，然后胃液从这个漏口流出来。消化道漏是术后比较严重的后遗症，可以表现为患者的心跳加快、发烧、腹痛，甚至肩膀、背部放射性疼痛。消化道漏的发生概率大概是1%左右，涉及到医生手术经验的问题，操作经验越多的医生，可能发生手术以后消化道漏的概率越低。
同时切胃手术以后，还有一些患者会发生胃食管反流，因为腹腔镜胃袖状切除后，胃的形态像袖子一样呈现出像管状结构，容量大概是60-100ml。所以有些患者吃的过快、过猛，可以形成胃食管反流，患者可能会有术后打嗝、烧心等不适。另外，腹腔镜下胃袖状切除，如果胃底切除不够彻底，在术后残留的胃底，会形成食物储存空间，这样患者手术以后进食量会慢慢的增加，从而导致减肥失败。但是在有经验的医疗医学中心，这种切胃不彻底发生的概率不高。