直肠溃疡主要分为两类病因，一类是肿瘤性溃疡，即直肠癌。另一类是炎症性疾病，常见炎症性肠病，例如溃疡性结肠炎、克罗恩病等可以引起直肠溃疡。直肠发现溃疡建议进行内镜下取活检进行病理学检测，肿瘤性疾病在显微镜下可以找到肿瘤细胞，此时建议患者积极进行手术、化疗或放疗方式针对肿瘤进行治疗。
如果在显微镜下没有找到肿瘤细胞，考虑炎症引起直肠溃疡。溃疡性结肠炎、克罗恩病等建议可以应用美沙拉秦进行治疗，美沙拉秦包括栓剂或灌肠液，它可以在局部对于直肠溃疡存在较好治疗效果，同时建议患者用益生菌或中成药帮助溃疡愈合。直肠溃疡患者原则上建议定期复查肠镜，进行活检病理学检查。