咽拭子主要是利用一个比较长的棉棒，即咽拭子，其采集步骤一般首先就是让受检者张开嘴，必要时可以用压舌板将舌头压下，然后用咽拭子深入到咽后壁，通常可以在扁桃体的两侧、表面，以及悬雍垂后的鼻咽后壁上进行摩擦、擦拭，通常就可以完成咽拭子取样过程。
取样过程当中，受检者会有轻微的恶心、不适，但一般咽拭子采集过程很迅速，通常几秒钟就可以完成操作。所以这种不适一般都可以耐受，问题不大，没有明显的疼痛。
有的受检者如果咽反射比较敏感，可以在采拭前4-6个小时尽量的避免进食，以免引起呕吐。但这种情况一般没关系，问题不大，不至于导致明显的恶心、呕吐。所以咽拭子采集相对简单，受检者也不用过分担心，按照医生操作就可以。