扁桃体有脓包，应根据不同原因进行不同治疗，常见原因如下：
1、急性化脓性扁桃体炎：应进行血常规观察感染的指标，如果中性粒细胞或白细胞过高，尤其超过15×10^9，建议静脉给予抗生素，如青霉素类的哌拉西林、阿莫西林克拉维酸钾等，也可以是一代或二代的头孢。如果是成年人，非孕期、非哺乳期可以给予喹诺酮类药物。如果中性粒细胞和白细胞升高较小，此时可以口服抗生素，如果扁桃体有脓包，可以给予清热解毒的中成药，比如蓝芩口服液、蒲地蓝消炎口服液、金银花口服液、咽炎合剂等；
2、扁桃体结石： 如果没有出现疼痛，扁桃体表面有较多的脓点，扁桃体可能有结石，甚至扁桃体长期有细菌定植，可能需要进行扁桃体切除术。扁桃体就像细菌的培养基，始终在身体内释放不良物质，当机体抵抗力一旦下降时会爆发，引起全身性感染等不适。