指甲发黄、变厚可以由多种原因造成，具体如下：
1、甲真菌病：皮肤癣菌感染甲板可以引起甲真菌病，真菌感染甲板之后可以导致甲板的结构破坏，失去原有的光泽和透明度，指甲变得混浊、发黄。真菌的代谢产物还可以刺激局部的甲床增生、甲板增厚，所以指甲发黄、变厚属于甲真菌病的一种典型临床表现。如果要确诊，可以做局部的指甲真菌检查，如果镜检和培养发现有真菌的菌丝、孢子等，便可以确诊属于甲真菌病，可以使用内服外用的抗真菌药物，使新生的指甲生长为好的指甲，替代病甲而逐渐恢复正常；
2、系统性内科疾病 ：比如心肺疾病、遗传性疾病或者营养方面的疾病，相对比较少见。