小肠镜和肠镜存在区别，常见区别如下：
1、肠镜：通常指结肠镜，结肠镜需要从肛门进镜，经直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠到达回盲部，甚至可进入回盲瓣口观察末段回肠，从而观察整个结肠情况，俗称肠镜。肠镜长度通常为1.2m、1.4m或1.6m；
2、小肠镜：临床常用包括单气囊小肠镜、双气囊小肠镜，需要经口或经肛实现对接，极少部分人群需要经口做小肠镜贯通，然后从结肠位置出来。小肠镜相对更细、更长，临床常用小肠镜长度有2m，且小肠镜带有外套管，通过外套管球囊或小肠镜前端球囊，将其固定至小肠黏膜上，使小肠更好套于小肠镜上，以便更好观察小肠病变。