胆总管结石临床表现主要取决于结石在胆管的梗阻程度，典型的临床表现为上腹部绞痛，病人可出现畏寒、发热，眼睛、皮肤发黄。
当结石梗阻程度轻时，病人症状可轻微或无症状，有人可能在查体过程中发现肝功胆红素、转氨酶、转肽酶轻度增高，此确诊需进行腹部B超、CT或磁共振明确诊断。胆总管结石无论有无临床表现，皆需进行取石治疗。目前常用胆总管结石取石方法主要是逆行性胆胰管造影术，即经口腔插入十二指肠镜，通过十二指肠乳头将结石取出后通过肠道排出。
胆总管结石除上讲述的典型表现外，另外一部分病人症状不典型或无症状，仅在查体过程中发现胆管有结石，做B超、CT或磁共 振、或查肝功时发现转氨酶、转肽酶或胆红素增高，一旦确诊胆总管结石，无论病人有无症状皆需进行取石治疗，如不取石，结石嵌顿后可造成病人急性化脓梗阻性胆管炎或急性重症胰腺炎，威胁病人生命。