牙龈边缘发黑，最主要的原因是存在着牙石，因此，清除牙龈边缘发黑的东西，最主要的方法就是洗牙。
其实并非牙龈的边缘，牙石最主要是囤积在牙齿跟牙龈相交界的部位，称之为牙颈部，这个部位通常比牙冠要缩窄一些。在刷牙时，如果不特别刷牙颈部，最容易存留牙菌斑，刷不干净。
牙菌斑堆积在牙颈部，时间长了没有清除干净，唾液当中的矿物质就会沉积在牙菌斑当中，变成硬的组织，钙化变硬，在早期成为淡黄色、黄褐色，时间长了变成黑色。所以，看到的就是沿着牙龈缘牙齿表面有黑黑的物质存在，突出于牙齿表面，就是通常所说的牙石。
牙石通过刷牙、漱口都清除不掉。一旦有牙石形成，说明平时牙齿没有刷干净，尤其有牙石存在的部位。
牙石只有靠口腔专业人员，使用特殊的器械，比如手动的洁治器、超声波的洁治器，通过洗牙的方法才能彻底清除牙石，把粘有牙石的牙面抛光变得光滑，使得容易刷干净，不容易有新的牙菌斑堆积在上面。
所以，一般来牙龈的边缘发黑是因为有牙石的存在，要想去除需要通过专业人员洗牙的方法来清除。