毛囊发炎，一般是细菌感染所致，同时与皮脂分泌过多也有相关性。一旦毛囊发炎要及时治疗。西医方面主要以系统的抗菌药物治疗为主，临床常用的药物有多西环素、克拉霉素、阿莫西林等。或者可以对严重的毛囊炎进行分泌物的培养，再选择合适的抗生素。外用药物也是以抗炎为主，常用的有克林霉素磷酸酯液、富硒地酸、百多邦、多粘菌素B等，以上都是很好的治疗药物。
同时，因为毛囊炎的发生还与油脂分泌有关，所以临床中也常会选择抑制油脂分泌的药物，如异维A酸，可达到有效抗炎、抗感染、抑制油脂分泌的效果，其次，还可选择螺内酯，这些都是抑制油脂分泌的药物。
中 医中药在这方面也有很好的治疗效果，可以有效地防止复发，增加疗效。在临床中除了口服的中医中药之外，还常把中医中药制成外用的酊剂、药水，另外还可运用中医的特色疗法，如针灸疗法、穴位埋线、刺络拔罐、火针疗法等。但毛囊炎的治疗也属于医疗行为，具体的药物选择也要在医生的指导下进行，以达到更安全的效果。