不同细菌病种的病死率不同，比如毒力较强的耐甲氧西林葡萄球菌引起的化脓性细菌性脑膜炎，死亡率可达20%-30%。对于其它社区获得性脑膜炎，如肺炎链球菌性脑膜炎经过早期治疗后，治愈率达90%以上，但是此类患者起病均较急，如果早期未获得积极治疗，一般会威胁生命，导致患者死亡。
院内发生的细菌性脑膜炎，如葡萄球菌性脑膜炎，以及多重耐药的鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌引起的脑膜炎，因耐药导致颅内感染的死亡率都比较高，到目前为止认为多重耐药细菌，尤其是耐碳青霉烯的肺炎克雷伯杆菌引起的脑膜炎，死亡率接近100%。