急性肾盂肾炎应尽早使用抗生素进行抗感染治疗，尽可能使用抗生素之前留取尿液标本进行尿培养检测，以提高尿培养化验阳性率，明确感染细菌种类后可以根据药敏结果选用敏感抗生素进行治疗。膀胱刺激症状明显的患儿可以使用碳酸氢钠碱化尿液。急性肾盂肾炎患儿大多全身症状较明显，可以出现高热、纳差，此时需要多饮水、给予易消化的清淡饮食、勤排尿，并注意监测体温，适时口服退热药防止高热惊厥。
反复发生急性肾盂肾炎的儿童需要进行泌尿系B超、排泄性膀胱尿路造影、核素扫描，以排除先天性泌尿系畸形，同时 估计肾损害进展情况。如果存在膀胱输尿管反流等高危因素，需要预防性使用抗生素治疗，必要时进行手术治疗。