所谓微创手术主要是损伤小、痛苦小、恢复快的手术。针对肛瘘的微创手术即要针对肛门括约肌功能的保护，避免损伤或者减少损伤肛门括约肌，如：
1、肛瘘挂线术是在外括约肌深部，不是直接切开括约肌深部，而是挂一个橡皮筋慢慢切割的作用，导致括约肌切开，一边切开一边生长，不会完全断裂导致大便失禁；
2、瘘管清创加纤维蛋白胶注射以及肛瘘栓填塞术。这两种手术主要是加一些医用的生物材料，把瘘管搔刮干净以后注入到瘘管腔内促进瘘管愈合；
3、括约肌间瘘结扎术也称为LIFT手术，是泰国的肛肠专家发明的这种手术方式，是在内外括约肌之间将瘘管结扎，然后将外括约肌以外的部分瘘管搔刮干净、慢慢引流然后愈合；
4、括约肌间瘘管结扎加肛瘘栓填塞术，将前两者手术融合在一起；
5、视频辅助瘘管治疗术，是通过瘘管镜插入到瘘管内将瘘管壁搔刮干净，瘘管慢慢愈合。