针对胆管堵塞的手术方式较多，主要根据胆管堵塞部位以及能否通过手术彻底去除病灶进行选择。引起胆管堵塞的病因包括结石、胆道异物、胆管狭窄、胆管肿瘤，特别是胆管恶性肿瘤。对于胆道内结石或异物，可通过胆管切开将结石或异物取出，再缝合胆管以恢复胆道通畅性。对于胆道狭窄，可通过内镜或介入治疗，进行胆道扩张。
一般炎性狭窄较少需要做胆道重建，除非反复出现胆管炎、胆汁反流，或胆管反复出现结石，此时需进行胆肠吻合术。对于胆道恶性肿瘤，能手术时需进行肿瘤切除，靠近肝门部的胆管肿瘤还需联合肝部分切除，胆管中下段肿瘤需进行胰、十二指肠切除手术，以及胆道、胃肠、胰腺的重建。