肛瘘二次手术比第一次手术难做。如果患者第一次肛瘘手术未处理较好，需要进行二次肛瘘手术，而本身第一次手术形成的瘢痕对第二次肛瘘手术是一个障碍，由于瘢痕形成以后，与肛瘘的界限不是很清楚，导致进行二次肛瘘手术时，可能无法分清是瘘管或瘢痕。即使通过各种辅助检查，包括核磁检查、B超等影像学检查，都只是作为参考，而术中的探查才是最终、最可靠的检查方法，指在术中检查发现瘘管，需要进行处理，才可以避免复发。
如果患者需要进行第二次肛瘘手术，医生也会仔细进行探查，但会比第一次肛瘘手术难以处理。因为第一次肛瘘手术未找到真正的管道和内口、外口，会给第二次造成困难，所以第二次肛瘘手术比第一次肛瘘手术复杂、难处理。