精子质量差生出的孩子是否健康要从两方面分析，精子质量差顾名思义是精子的活动率不好，这种情况生出的孩子没有任何问题，精子活动率不高，只是提示精子跑的不够快，只要精子内在质量没问题，越过自然选择与卵子结合后，孩子理论上是健康的。
其实更担心的是精子的内在质量出现问题，这样的精子与卵子结合以后可能会有健康隐患，比如精子的完整性比较差，或者精子内在缺乏某些结构，如圆头精子、特殊的精子畸形等，这类精子质量比较差，这样的精子与卵子受孕后要么出现胎停、流产的不良孕产结局，要么越过产科的诊断，最终孩子出生也要严密随访，所以关心精子的质量差主要是关注精子内在质量差，而不仅是精子的活动率不好。