克罗恩病的诊断是综合性诊断，常常要借助临床病史特征、常见表现、病理诊断，甚至影像学检查。克罗恩病的诊断，典型症状是腹痛、腹泻、消瘦，甚至贫血。除了这些症状以外，还可能出现肛周瘘管的形成。
另外一个很重要的诊断依据是肠镜。在肠镜上可以看到跳跃型溃疡、重型溃疡，还有铺路石样改变，这些都是克罗恩病典型的肠镜特点，除了借助肠镜，还要借助病理诊断。在病理诊断上的表现主要有透壁性的炎症，裂隙样溃疡以及非干酪样肉芽肿。
除此之外还要借助影像学诊断，包括小肠CT成像、小肠磁共振，这些也对诊断克罗恩病有 非常重要的作用。综合以上病史，将肠镜表现、病理特征以及影像学检查综合才能诊断克罗恩病。