肝功能损伤最严重的后果是肝功能衰竭，肝功能衰竭死亡率较高。目前临床上肝功能衰竭可分为急性肝功能衰竭、慢加急性肝功能衰竭或慢性肝功能衰竭，但急性肝衰竭死亡率最高，慢加急性肝功能衰竭和慢性肝衰也有一定的死亡率。由于大量肝细胞坏死，导致肝脏功能受损，如肝脏的合成、解毒功能，以及对蛋白、脂肪、糖的调节功能异常。
尤其对氨类的解毒作用受损，不能完成尿素循环，不能合成尿素，导致体内大量蓄积，易出现肝性脑病。严重肝性脑病时病人可出现深昏迷，甚至出现死亡。肝脏功能差时可引起肝肾综合征，肾脏出现功能性肾功能衰竭，也可导致死亡。肝功能差时，凝血机制障碍可出现不同程度的出血表现或出血倾向，重要脏器如脑部可出现大量出血，通常可危及生命。所以肝功能损伤最严重的是肝功能衰竭，而肝功能衰竭通常可以导致患者死亡。