病理诊断是最终诊断，大多数疾病的确诊都需要做病理检查，病理检查也是金标准。结核是由人型结核分枝杆菌感染所致，大部分为肺结核，小部分会在肺外发病，统称为肺外结核，如淋巴结核、骨结核、肾结核等。结核病从本质来讲就是一个炎症，不过它是一种特殊炎症，在病理上有特征性改变，镜下可见上皮样细胞形成的结节，多核巨细胞及干酪样坏死，结节的外周有纤维组织围绕及大量的淋巴细胞浸润。
病理医生根据这种特征性的改变来诊断结核。但病理检查是一种有创检查，需要从患者身上取少量组织，这会造成患者一定的痛苦，因此患者的接受度不高。目前肺结核的诊断主要依靠胸部影像学、痰结核菌检查，并 结合临床表现，PPT试验等来综合考虑。只有诊断不明确以及难以与肿瘤，如结核瘤等疾病鉴别的情况下才需要做病理检查，另外肺外结核通常需要做病理检查才能确诊。