促排卵药物副作用是指排卵较多，容易出现卵巢过度刺激，也就是多个卵泡发育。可出现腹水、胸水，多个卵泡发育的腹胀。克罗米芬本身的副作用是影响子宫内膜厚度，使子宫内膜变薄，宫颈黏液变黏稠，不利于精子穿透。所以促排卵药物必须在生殖医学医生建议下，或是医嘱下才能应用。至于安全性，如果是女性没有排卵，比如多囊卵巢就需服用促排卵药，因为多囊卵巢本身不排卵，女性如果不排卵，可能没有妊娠机会。但这种药物在医生指导下安全应用没有问题。
许多患者在临床上用促排卵药物，往往是因为患者排卵异常。排卵异常临床上较多见的是多囊卵巢，或是小卵泡发育患者。如果用尿LH峰 试纸测不到排卵，在月经第二天查完激素后，临床医生可能会使其服用促排卵药物。药物临床上常用克罗米芬和来曲唑这两种口服药物，必须在医生医嘱下用药。尤其是克罗米芬，服用该药可能会有多几个卵泡发育，在卵泡发育过程中，也会有一定副作用。