临床一般将下肢深静脉血栓形成从发病到发病后两周内称为急性期，期间不建议患者进行积极运动，包括跑步。因为下肢深静脉血栓刚形成时，血栓较疏松、较脆，如果此时进行大量或剧烈运动，腿部肌肉收缩可能会挤压深静脉，血栓会被肌肉收缩挤压、脱落。血栓脱落后顺血流方向继续向上流动进入肺动脉，形成明显的肺动脉栓塞，部分肺动脉栓塞可以致命，且发作较快。所以，急性期不建议患者进行跑步运动。
但随治疗积极推进，如果血栓清理干净，慢性期后可以在弹力袜支持情况下进行适当运动。并且可以采取慢跑等措施改善患者身体状态，改善下肢静脉功能。