排除宝宝是巨结肠的方法是通过病史、特殊检查，具体如下：
一、病史：
看典型病史，有没有胎粪排出延迟、胎粪排尽时间延迟，以及药物无法改善长期便秘。
二、特殊检查：
1、钡灌肠检查：钡剂灌肠是通过肛门打进钡剂，显示整个肠管的形态，可以表现为典型的先天性巨结肠形态；
2、肛门直肠测压：表现为直肠反射波消失，也可以怀疑先天性巨结肠；
3、直肠活检：先天性巨结肠的真正确诊是缺乏神经节细胞，可以从直肠取点黏膜、肠管去化验，做病理检查才能做出确诊。
典型的先天性巨结肠的诊断，钡剂灌肠已经比较充分，再 结合直肠测压、术中快速冰冻病理检查，都比较充分。对于短暂型、比较怀疑或者全结肠、不太好确诊，建议做直肠活检，这才是金标准，才能确诊。