肠镜一般指结肠镜，是结肠癌或者直肠癌检查最有效、最直观的方法。肠镜是通过软器械从肛门插入，可直观地从电视屏幕观察到结肠黏膜的表现，有无肿物、炎症、溃疡、出血、息肉，对结肠癌的诊断有重要意义，且能取病理化验，为结肠癌确诊的金标准。结肠镜检查属于有创检查，部分病人惧怕痛苦，或由于其它原因无法进行肠镜检查。
粪便基因检查通过粪便化验分析癌基因存在来确诊、诊断。所以粪便基因检查为无创检查，患者易接受。为癌症早期诊断，早期发现的有效方法，但无法达到100%诊断，可能出现发现有癌基因，未发现癌症，所以在明确诊断上 无法代替肠镜。