小肠功能紊乱的治疗方面，临床常用的药物主要如下：
1、调节肠道菌群紊乱药物：常用有双歧杆菌、枯草芽孢杆菌、布拉氏酵母菌、地衣芽孢杆菌等；
2、调节胃肠动力药物：常用的有曲美布汀、匹维溴铵等。
小肠功能紊乱在临床上常表现为腹痛、腹胀、腹泻、嗳气等，根据上述临床表现，临床可选择不同的药物治疗。对于小肠功能紊乱的患者，在饮食结构方面也需特别强调，需避免进食辛辣的食物，需食用清淡、容易消化的食物。除从药物方面进行调理外，也需特别注意生活方式及饮食习惯的调整。还需在医院进行明确诊断，是否是小肠功能紊乱，避免因为漏诊、误诊或自行吃药，而造成不必要的并发症，或比较严重的器质性病变，因此明确病因也相当重要。