肛瘘产生的原因主要有以下几方面：
1、最主要为局部肛门周围脓肿，破溃或肛周脓肿进行切排手术后形成肛瘘；
2、部分人反复肛裂愈合会形成假性愈合，即表面黏膜长好，但黏膜下还为空洞，形成皮下瘘、浅瘘管；
3、肛门直肠损伤，可由外伤引起，也可由食物引起。临床上有时可见到误食牙签，牙签排到肛门，嵌顿在肛门内口而形成脓肿、感染。部分患者吃了鱼类，鱼刺误食后堵在肛门，从而形成脓肿，脓肿形成后，慢慢会形成肛瘘；
4、会阴部手术，如内痔注射术，感染后形成肛周脓肿，脓肿慢慢会形成肛瘘。产伤时会阴撕裂，缝合后出现感染，导致肛周脓肿，在脓肿晚期或脓肿后期也会形成肛瘘。