绝大多数肾结石的原因都不是清楚，目前所说的都是相关高危因素，如喝水少、水质差，即常说水质偏硬等，这些情况只是高危因素，也有是明确病因的肾结石，有可能有先天性疾病，如高尿酸血症，另外还有梗阻引起的肾结石，如有些患者可能是因为肾积水同时继发肾结石。根据病因不一样，所采取的治疗方式不一样。有明确病因如肾积水，高尿酸血症的患者，代谢障碍引起的肾结石，必须根据病因进行治疗。
肾积水继发引起肾结石，这种情况不能单纯治疗结石，要把积水原因解除进行治疗，比较常见的是因为其它特发因素引起的肾结石，最常见，绝大多数患者都是 偶然体检发现肾结石，对于这类原因引起的肾结石，根据不同情况采取不同治疗，根据结石大小、位置以及病人有没有症状等情况，综合判断患者是否需要进一步治疗。